安徽中医药大学中药学学科始建于1959年，1993年获准中药学硕士学位授予点；2013年获准中药学博士学位授予点，2019年获准中药学博士后流动站。中药学学科是安徽省重点学科、安徽省国内一流学科、安徽省高峰学科。中药学学科团队是国家级教学团队、安徽省首批“115”现代中药研发产业创新团队。药用植物学、临床中药学、中药化学学科为国家中医药管理局重点学科，中药药理学学科为安徽省重点学科。

目前中药学学科队伍共139人，硕士生导师65人，博士生导师74人。建有首批中药学本科国家级教学团队，省领军人才团队等科技创新团队7支；拥有全国优秀教师4人，安徽省高水平导师2人，省级研究生教学名师2人，省特支计划、省杰青等创新人才50余人次。

学位点凝炼五个研究方向：道地药材品质提升与开发研究、中药及复方药理学与物质基础研究、中药活性成分筛选与结构改造研究、中药炮制加工与质量控制研究、中药新剂型与制剂新技术研究。学科秉承安徽中医药深厚底蕴，始终围绕安徽特色中药开展一系列创新性的研究工作，加强产学研合作，形成了一批标志性成果，培养了一批中药学高层次人才，是国内中药学领域有一定影响的学科。近年来承担了国家重点研发计划、国家自然基金等国家级项目40余项，其他各级各类项目近200余项，获省级以上科技奖励12项，其中安徽省科技进步一等奖2项，2019年获批国家一流专业建设点，2020年获批国家一流课程6门。先后获省级以上教学成果奖40余项，其中国家教学成果二等奖1项。

拥有中药学博士后科研流动站、国家中药类实验教学示范中心、教育部新安医学重点实验室等省级以上教学与科研平台15个。已初步形成了中药的基础研究、应用基础研究、开发研究和工程产业化研究的体系，形成了自身学科特色，成为我省中药研究与开发高地。